Master Bio-Informatique, Bioinformatique Modélisation et Statistique

~ Objectifs scientifiques et professionnels
Le parcours BIMS vise à former des ingénieurs bioinformaticiens et biostatisticiens ainsi que des futurs doctorants spécialistes de la gestion, du traitement et de l’analyse de données biologiques, notamment massives issues des approches expérimentales à très grande échelle (expérimentations qualifiées de Big Data) telles que : celles issues des nouvelles technologies de séquençage de l’ADN et de l’ARN (Next Generation Sequencing) ou des technologies analytiques par RMN et spectrométrie de masse haute résolution pour l’étude des protéines, des métabolites et des structures moléculaires. Les sciences omiques prises individuellement (génomique, métagénomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique) comme l’intégration de données multi-omiques (mais aussi cliniques, environnementales etc..) et la biologie des systèmes complexes sont concernées. Les diplômés sont formés aux sciences des données les plus pointues comme les méthodes d’apprentissage automatique et profond (« machine learning » et « deep learning » de l’intelligence artificielle). Ils sont également compétents en matière de techniques de visualisation et de représentation des données biologiques, des connaissances et de conception et développement de solution logicielle innovante.
Le programme de la formation est intégré et fortement coordonné. Il est à la fois disciplinaire fondamental (sciences omiques et biologie structurale, informatique, mathématiques), pluridisciplinaire (sciences bioinformatiques) et généraliste abordant les différents aspects du domaine aujourd'hui (bioinformatique moléculaire, fonctionnelle, structurale, intégrative).

~ Domaines d'application
Le programme répond au besoin de bioinformaticiens et biostatisticiens dans tous les domaines de la biologie : médecine de précision (diagnostics moléculaires et parcours de soins personnalisés) et suivi épidémiologique ; génomique animale, végétale et bactérienne & enjeux des biotechnologies alimentaires (amélioration variétale et des bioprocédés industriels); Génomique environnementale & enjeux de la biodiversité (préservation des espèces et des écosystèmes, ressources marines et terrestres, remédiation aux pollutions, bioénergies alternatives).

Le master de bioinformatique rouennais, se distingue des autres masters nationaux (et internationaux) du domaine par sa forme originale et unique en 2 ans ½ et en alternance : M1 en formation initiale classique en 1 an ; M2 en 1 an ½ en alternance rémunéré sous contrat de travail 17 mois (apprentissage ou professionnalisation). La formation possède vingt ans d’expertise (ouverture en 1999 sous la forme d’un DESS en 2 ans).

 

En savoir plus :

- La formation est inscrite au Répertoire National des Certifications Professionnelles, associée à la fiche suivante :
RNCP34129 - MASTER - Bio-informatique (fiche nationale)

- Site de la société française de bioinformatique :
 https://www.sfbi.fr/   et   https://www.sfbi.fr/fiche_metier_bioinfo

Polyvalence : Les diplômés sont formés à choisir, implanter et utiliser, concevoir et développer des (nouveaux) outils, des méthodes, des modèles informatiques, statistiques et mathématiques destinés aux traitements des données massives en biologie issues des approches expérimentales à large échelle.
►Biologie et expérimentations à large échelle : Compréhension de l’origine (plan d’expérience, échantillonnage, technologies de production) et la nature de diverses sources de données biologiques, complexes, massives et hétérogènes et les enjeux des divers questionnements et domaines d’applications
► Informatique : maîtrise de l’algorithmique, de langages de programmation, des systèmes de gestion de bases de données et technologies web; conception et développement de nouveaux logiciels; utilisation et déploiement des logiciels et chaînes de traitement sur des infrastructures informatiques distribuées pour le stockage et le calcul intensif (data center, cloud). Management de la qualité (bonnes pratiques de programmation, respect des normes de développement, risques et contraintes, traçabilité des traitements).
► Mathématique, Statistique et Sciences des données  : maîtrise des tests, modèles et des outils de statistiques pour l’analyse des séquences, l’analyse des données et l’apprentissage statistique, la modélisation des systèmes dynamiques et réseaux, la programmation en statistiques.
► Bioinformatique : connaissance et maîtrise des principaux programmes et ressources internationales publiques du domaine, pour le développement de chaînes de traitement automatique des données, l’annotation des génomes et des données. Connaissance des méthodes et outils pour le traitement de données de séquençage, l’analyse protéomique, la construction de réseaux métaboliques et d’interactions moléculaires. Algorithmique et outils bioinformatiques en génomique comparative, méthodes et outils en bioinformatique structurale.
► Développements personnels et professionnels : aisance en communication scientifique écrite et orale (prise de paroles et rédactions régulières, participation à des congrès), travail en langue anglaise écrite et orale, travail en mode projet. Développements personnels: esprit analytique, critique et de synthèse, esprit d’initiative et de réactivité, rigueur, ouverture d'esprit, créativité, autonomie et sens de l'organisation, goût du travail en équipe (nombreux projets collaboratifs entre étudiants, pédagogie d’apprentissage par projet) , faculté à interagir, conseiller et à transmettre ses connaissances dans un environnement pluridisciplinaire.
 

En savoir plus :

- La formation est inscrite au Répertoire National des Certifications Professionnelles, associée à la fiche suivante :
RNCP34129 - MASTER - Bio-informatique (fiche nationale)

L’équipe pédagogique dans son ensemble avec les intervenants extérieurs réguliers ou ponctuels issus du monde académique ou industriel offre aux étudiants du master une formation pleinement en phase avec la recherche actuelle utilisant les données hétérogènes et massives de biologie et les besoins d’ingénierie dans le domaine de la bioinformatique et ce dans toutes ses composantes qu’elles soient informatique, bioinformatique, statistiques, acquisitions et traitement des données, utilisation de ressources massives et distantes, sciences des données et gestion des connaissances en santé.

~ Une dizaine de laboratoires académiques sont en appui de la formation : (4 INSERM, 3 CNRS, 3 universitaires) : le socle pédagogique est constitué par les laboratoires d’informatique LITIS (équipe TIBS) et de mathématiques LMRS (équipe statistique) de l’URN. Des enseignants-chercheurs biologistes expérimentalistes, ingénieurs bioinformaticiens d’autres laboratoires interviennent pour l’enseignement régulier et/ou pour l’accueil en stage ou en alternance, l’emploi ou la préparation d’un doctorat pour nos diplômés. Ces structures représentent un vaste champ d’applications des sciences omiques et de la bioinformatique.

Laboratoires UFR Sciences et Techniques – Campus Mont Saint Aignan
- EA 4108 LITIS - Laboratoire d'Informatique, du Traitement de l'Information et des Systèmes, équipe TIBS « Traitement de l’Information en Biologie Santé »
- UMR 6085 CNRS LMRS - Laboratoire de Mathématiques Raphaël Salem
- EA 4358 GLYCOMEV - Glycobiologie et Matrice Extracellulaire Végétale
- UMR 6270 CNRS PBS - Polymères, Biopolymères, Surfaces
- UMR 982 INSERM DC2N - Différenciation et Communication Neuronale et Neuroendocrine
- UMR 6014 CNRS COBRA - Chimie Organique et Bioorganique : Réactivité et Analyse

Laboratoires UFR Santé - Campus Santé Rouen Normandie
- UMR 1245 INSERM GMPDCN - Génomique et médecine personnalisée dans le domaine du cancer et des troubles neurologiques
- UMR 1234 INSERM Physiopathologie, Autoimmunité, maladies Neuromusculaires et Thérapies Régénératrices
- EA 2656 GRAM 2.0 (Rouen - Caen) Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne
- UMR 1073 INSERM Nutrition, inflammation et dysfonction de l'axe intestin-cerveau

~ Des infrastructures expérimentales (plateaux, services communs et plateformes technologiques) produisent des données omiques et structurales, fournissant ainsi des opportunités de projets de bioinformatique dans le cadre de missions de stage ou d’alternance, d’emploi (IE) ou thèse pour nos diplômés. Des ressources en calcul intensif et stockage pour l’enseignement sont en appui.

- Service de génomique et transcriptomique, plateau de cytogénétique conventionnelle et moléculaire: séquenceurs Sanger et NGS (Illumina, Ion Torrent), CGH-array, micro-array, qPCR, RT-MPLA ;
- Service Commun de Cytométrie en Flux et d'Analyse Cellulaire (CyFlow) et Chromium 10x Genomics (Single cell) ;
- Plateforme labellisée IBiSA de protéomique PISSARO : protéomique séparative et quantitative, spectrométrie de masse;
- Plateforme labellisée IBiSA d'imagerie cellulaire PRIMACEN : qRT-PCR très haut débit;
- Équipement de biologie structurale et modélisation moléculaire: RMN, spectrométrie de masse;
- Infrastructures informatiques du Centre Régional Informatique et d'Applications Numériques de Normandie (CRIANN) et du Data Center de l’URN.

  ~ À l’échelle régionale, dans le cadre de la ComUE Normandie Université les unités de recherche en appui du master sont rattachées à des fédérations labellisées par le CNRS ou par le ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation ou à des réseaux interrégionaux ou nationaux.

- FR 3335 : Fédération de recherche Normandie mathématiques (Norm Math) ;
- FR 3038 : Institut normand de chimie moléculaire, médicinale et macromoléculaire (INC3M) ;
- FR 3624 : Réseau national de spectrométrie de masse FT-ICR ;
- FR 3638 : Normandie sciences et technologies de l’information et de la Communication (NormaSTIC) ;
- FR 3730 : Sciences appliquées à l’environnement (SCALE) ;
- FED 4220 : Institut de recherche et d’innovation biomédicale (IRIB) ;
- FED 4277 : Normandie Végétal.

- Fédération Hospitalo-Universitaire : Centre normand de médecine génomique et de médecine personnalisée ;
- Centres de Lutte Contre le Cancer : Henri Becquerel à Rouen et François Baclesse à Caen ;
- Cancéropôle Nord-Ouest ;
- Réseau LARC-Neurosciences ;
- Institut Carnot CALYM.

~Plus largement en France  il existe un fort ancrage au sein de la communauté professionnelle en bioinformatique. Plus de 130 organisations professionnelles publiques, parapubliques et privées depuis l’origine participent aux enseignements, à l’accueil en stages de M1 et en missions professionnelles de M2 : plus de 20 universités, 70 laboratoires d’organismes de recherche (CNRS, INSERM, INRA, IFREMER, INRIA, CEA, INSA, ENS), de structures privées comme les Instituts Pasteur, Institut Curie et d’autres Centres de Lutte Contre le Cancer ou fondations (Becquerel, Baclesse, Synergie Lyon Cancer), structures hospitalo-universitaires (APHP, Institut Gustave Roussy, Institut Imagine, HCL, CHU en région), organisation de santé et agence sécurité sanitaire (OMS, ANSES), près de 20 entreprises de biotechnologies, pharmaceutiques ou de bioinformatique.

~ Le réseau des anciens  offre chaque année des opportunités de nouveaux partenariats pour les nouveaux entrants (groupe Linked-in).

Accès au master 1re année parcours BIMS :

Être titulaire d'une licence ou d'un grade de licence.
Licences conseillées  :
- Licence Sciences de la Vie
- Licence Sciences de la Vie et de la Terre

Modalités : Étude de dossier (et entretien le cas échéant)
Capacité d'accueil en M1 BIMS : 14
Composition du dossier :

Si vous êtes en poursuite d’études (formation initiale)
• CV détaillé
• Lettre de motivation incluant le projet professionnel
• Relevés de notes post-bac et contenus de formation
• Relevé de notes du semestre impair de l’année (L3S5 ou M1S1)
• Certification en langue (si disponible)
• Résumé (1/2 page) du mémoire de stage effectué ou en cours dans le domaine des sciences omiques ou de la bioinformatique (facultatif)
• Lettre d’appréciation d’un enseignant du domaine (les étudiants rouennais en sont dispensés)
•Copie du dernier diplôme obtenu
•Relevé de notes de licence (S6), à fournir dans un second temps

Si vous êtes en reprise d’études (FTLV)
• CV détaillé
• Lettre de motivation incluant le projet professionnel
• Documents expériences professionnelles et compétences acquises
• Contrats de travail et fonctions exercées auparavant
• Demandeurs d'emploi : carte d'inscription à Pôle Emploi
• Dossier financier proposé par les conseillers préalablement consultés de la Formation Continue
• Copie du dernier diplôme obtenu

Critères :

• Les candidats, tous biologistes, auront acquis de solides connaissances de niveau licence en génétique moléculaire (initiation à la génomique appréciée), biologie cellulaire et biochimie (initiation à la protéomique et biologie structurale appréciée) ; ce sont trois piliers des fondamentaux de biologie nécessaires à ce domaine. Les trajectoires technologiques de type « DUT + licence professionnelle » ne sont pas adaptées, sauf cas particulier d’un DUT génie biologique option bioinformatique suivi d’une licence professionnelle bio-industries et biotechnologies spécialité génomique. Les trajectoires technologiques de type « BTS + licence professionnelle » ne sont pas adaptées.

• Dans tous les cas, les relevés de notes devront mettre en valeur les capacités à réussir dans ce domaine.

• Les candidats devront démontrer leur motivation pour la pluridisciplinarité en bioinformatique au travers de parcours présentant des enseignements à choix ou obligatoires complémentaires à leur finalité de licence, tels que : analyses bioinformatiques (utilisation de ressources comme les banques et outils), programmation informatique, programmation pour la bioinformatique, mathématiques, (bio)statistiques. La lettre de motivation devra démontrer que le candidat a bien compris le domaine de formation du master et faire état d’un projet professionnel avéré en bioinformatique au regard des différentes missions offertes par le domaine (consultez https://www.sfbi.fr/ et https://www.sfbi.fr/fiche_metier_bioinfo)

• Une première expérience de stage réussi dans le domaine est appréciée (bac+2 et/ou bac+3). Les candidats sont invités à produire un résumé du travail effectué, des méthodes et outils utilisés (1/2 page ; seulement s’il s’agit d’un stage en sciences omiques ou en bioinformatique).

• Compétences en langue : le master s’inscrit dans le cadre de la francophonie. Les enseignements sont oralisés en langue française. Pour les candidats internationaux, le niveau obligatoire minimum en langue française est B2 (obligatoirement validé par une certification). Néanmoins en M1 et M2 les supports de cours écrits sont généralement en anglais, l’ensemble du domaine professionnel nécessite au quotidien la maîtrise de la langue anglaise. La participation des étudiants à des rencontres scientifiques nationales ou internationales nécessitent un bon niveau d'anglais. Les étudiants sont amenés régulièrement à des prises de paroles en anglais dans le contexte académique ou professionnel en M2 lors de leur alternance. Une certification en langue anglaise est passée en M2.2 (TOEIC, CLES, autres). C’est pourquoi nous recommandons un niveau B1 minimum en anglais à l’entrée du master (validé soit par une certification, soit par une bonne note d’anglais en licence).

• Profil et aptitudes personnelles : d'une façon générale les candidats doivent montrer leur capacité à intégrer aisément des notions nouvelles, de la rigueur et de l’autonomie, avoir le goût du travail en équipe et être force de proposition. Le sens de l’organisation est également fortement sollicité en vue d’une charge globale de travail importante et de la gestion de l'alternance.

Accès au master 2e année parcours BIMS :

- Capacité d’accueil en M2 BIMS : 18

- Accès de droit pour les étudiants ayant validé la première année de la formation.

- Recrutement externe : toute personne présentant un profil de bioinformatique de premier niveau (quel que soit le profil initial de licence : mathématique, informatique ou biologie).

Validation d'Acquis d'Expérience (VAE/VAPP)

Les personnes ne disposant pas du titre requis peuvent demander une validation au titre de leurs études, leurs expériences professionnelles et leurs acquis personnels (articles L613-5 du code de l'éducation). Pour tout renseignement consulter le site

Attention le contenu de la formation présenté dans la rubrique ci-dessus n'est plus à jour, le contenu valable à partir de septembre 2020 est disponible en téléchargement ICI

~Pourquoi choisir le master bioinformatique parcours BIMS de l'URN ?
Le master de bioinformatique rouennais, parcours BIMS se distingue des autres masters et parcours nationaux (et internationaux) du domaine par sa forme originale et unique en 2 ans ½ et en alternance : M1 en formation initiale classique en 1 an (S1 et S2) ; M2 (S3 et S4) en 1 an ½ en alternancerémunéré sous contrat de travail 17 mois (apprentissage ou professionnalisation). La formation possède vingt ans d’expertise dans l‘alternance (ouverture en 1999 sous la forme d’un DESS en 2 ans).

L’alternance en M2 offre une réponse de choix aux différents projets professionnels des étudiants. Qu’elle se déroule en laboratoire ou service R&D du secteur privé, les futurs diplômés auront acquis des connaissances fondamentales approfondies, des compétences professionnelles opérationnelles de haut niveau mais aussi de solides connaissances de l’environnement professionnel académique ou privée, grâce à leur participation et contribution à des travaux de recherche, à la veille bibliographique, à la gestion de projet, à des séminaires et des congrès en français ou langue anglaise. En contrat au sein de jeunes entreprises innovantes, ils peuvent aussi être sensibilisés à l’innovation et l’entrepreunariat.
Au total, avec un stage pré-apprentissage en M1 BIMS, long de 4 mois en France ou à l’international, une alternance de 17 mois en M2 BIMS, puis l’opportunité d’un stage à l’international post-apprentissage de 3 mois ou plus, les diplômés du master bioinformatique parcours BIMS bénéficient d’expériences variées, solides et longues pour aborder avec succès l’insertion professionnelle immédiatement ou postuler en doctorat en France ou à l’international.

La formation est inscrite au Répertoire National des Certifications Professionnelles: RNCP34129 - MASTER - Bio-informatique (fiche nationale)

~Précision d’organisation
- Le programme de master se déroule en deux années ½ mais néanmoins en 4 semestres pédagogiques de 30 ECTS.
- Le master 1 se déroule en un an en formation initiale classique comprenant les semestre 1 (30 ECTS) et semestre 2 (30 ECTS). Le S2 comprend un stage continu obligatoire de 4 mois en France ou à l’international.
- Le master 2 se déroule en 1 an ½ avec un rythme en alternance obligatoire : le M2.1 dure 1 an et correspond au semestre 3 (30 ECTS), le M2.2 dure 6 mois et correspond au semestre 4 (30 ECTS). La diplomation a lieu après le jury de fin de semestre 4, en février.
-En M2 : les sessions de regroupement pour la formation durent deux semaines, espacées de 3 à 8 semaines en mission professionnelle. Cette alternance longue, permet d’effectuer sa mission partout en France, individualisant ainsi l’immersion professionnelle de chaque alternant et offrant la possibilité de construire son propre réseau professionnel.
- Quelques aspects asynchrones modérés peuvent se dérouler en modalité « à distance » pendant les périodes en mission. Ils sont réalisés à domicile et encadrés par un accord avec l‘entreprise.
- Une convention spécifique du master avec le CROUS de Normandie permet d’obtenir facilement un logement sur le Campus pour gérer son logement sur Rouen.

-Prolongement au choix : les étudiants peuvent bénéficier d’un statut encadré par une convention pour réaliser un stage post-apprentissage à l’international à l’issu du contrat d’alternance (3 mois ou plus). Il fait l’objet d’un supplément au diplôme.

~Précision au sujet des stages et alternances
La formation bénéficie d’un fort partenariat pour l’accueil en stage et alternance au niveau local, régional et national. Il offre un vaste terrain d’expériences professionnelles dans tous les domaines d’applications et par toutes les approches techniques du métier (Visitez la rubrique PRESENTATION). Les étudiants sont guidés et bénéficient d’une mise en réseau pour trouver selon leurs choix scientifiques et géographiques des structures d’accueil publiques ou privées. Visitez la carte des stages et alternance.

Plus ? Lisez les FAQ : http://masterbioinfo.univ-rouen.fr/FAQ.pdf

Poursuite d’études en doctorat au travers les concours d’accès aux écoles doctorales partout en France ou à l’international en vue d’accéder aux fonctions d’ingénieur de recherche, d’enseignant-chercheur ou de chercheur. L’insertion post-doctorat se réalise dans les mêmes secteurs d’activités que ceux de l’insertion immédiate, dans le secteur public (IR, CR, MCU des organismes de recherche et enseignement supérieur) ou sur des postes de niveau équivalent dans le secteur privé (chef de projet

L’ensemble des connaissances et compétences acquises vise à former des cadres supérieurs capables de s’intégrer dans les divers secteurs d'activités de la bioinformatique, dans un contexte pluridisciplinaire à l'interface des sciences du vivant, de l'informatique et des mathématiques en médecine de précision, microbiomique, agrogénomique, bioindustries et biotechnologies, écogénomique (consulter sfbi.fr). L’insertion s’effectue en France ou à l’international.

Responsable des stages et missions en alternance : Hélène Dauchel

Responsables d’années :
M1 : Laurent Mouchard, enseignant chercheur en informatique et bioinformatique
M2.1 : Hélène Dauchel, enseignante chercheure en génomique et bioinformatique
M2.2 : Caroline Bérard, enseignante chercheure en biostatistiques et bioinformatique

Pour nous contacter merci d’utiliser cet alias ( les trois responsables) : master.bioinfo@univ-rouen.fr

En savoir plus :

Site web :  http://masterbioinfo.univ-rouen.fr/

FAQ : http://masterbioinfo.univ-rouen.fr/FAQ.pdf

À propos de l’alternance : http://cfa-cfc.univ-rouen.fr/

Formation continue
formation.continue@univ-rouen.fr
02 35 14 60 76

Apprentissage
alternance@univ-rouen.fr 
02 35 14 60 80